โรงเรียนบ้านคลองนกกระทุง (เรียงราษฎร์อุทิศ 2) เปิดเรียนเมื่อวันที่ 26 สิงหาคม 2483 โดยสร้างเป็นโรงเรียนชั่วคราว  ตั้งอยู่ทางทิศเหนือของโรงเรียนปัจจุบันให้ชื่อว่า โรงเรียนประชาบาล ตำบลท่าช้าง มีนายแดง  ไชยจิต  เป็นครูใหญ่คนแรก  โดยย้ายมาอยู่ที่ปัจจุบัน เมื่อวันที่ 31 สิงหาคม 2493 โดยมีนายเรียง  ทิพย์มณี อดีตกำนันตำบลท่าช้างเป็นผู้สร้างและมอบที่ดินเนื้อที่ประมาณ 16 ไร่ 1 งาน 93 ตารางวา ให้เป็นสถานที่ตั้งโรงเรียน และได้เรี่ยไรเงินจากประชาชนได้ 11,559 บาท จัดสร้างอาคารเรียนขนาดกว้าง 7 เมตร  ยาว  21  เมตร  แบ่งออกเป็น  4 ห้องเรียน  ด้านหลังมีมุมขนาดกว้าง  4 เมตร ยาว 4.7 เมตร เป็นอาคารแบบ ป.1 หลังคามุงกระเบื้องดินเผา ฝากระดานพื้นซีเมนต์ อาคารหลังนี้ใช้ค่าก่อสร้าง ทั้งสิ้นเป็นเงิน 32,387.50 บาท ส่วนใหญ่เงินจำนวนนี้เป็นเงินส่วนตัวของ นายเรียง ทิพย์มณี  

     พ.ศ. 2515 นายเจริญจิตต์ ณ สงขลา นายอำเภอหาดใหญ่ จัดหางบประมาณได้ 150,000 บาท รวมกับเงินส่วนตัวของนายเรียง ทิพย์มณี 307.474 บาท รวมใช้เงินในการก่อสร้างทั้งสิ้น 514.745 บาท ในการก่อสร้างจึงทำให้การก่อสร้างอาคารเรียน 2 ชั้น ทางโรงเรียนพิจารณาเห็นว่า นายเรียง  ทิพย์มณี  เป็นกำลังสำคัญในการจัดสร้างอาคารเรียนหลังนี้ จึงได้ขอเพิ่มชื่อโรงเรียนบ้านคลองนกกระทุง เป็น โรงเรียนบ้านคลองนกกระทุง (เรียงราษฎร์อุทิศ 2)

      พ.ศ. 2535   โรงเรียนบ้านคลองนกกระทุง ได้รับอนุญาตให้เปิดสอนระดับมัธยมศึกษาขยายโอกาสทางการศึกษา โดยสำนักงานคณะกรรมการการประถมศึกษาแห่งชาติซึ่งเปิดรับนักเรียนในชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 1 ได้จำนวน  25 คน  

พ.ศ. 2552 โรงเรียนบ้านคลองนกกระทุง (เรียงราษฎร์อุทิศ 2) เปิดทำการสอนตั้งแต่ ระดับก่อนประถมศึกษาถึงระดับมัธยมศึกษาตอนต้น ปัจจุบันมีนายสมสุข  เพชรกาญจน์  เป็นผู้อำนวยการโรงเรียน 

พ.ศ. 2555 โรงเรียนบ้านคลองนกกระทุง (เรียงราษฎร์อุทิศ 2) ได้รับการคัดเลือกให้เป็นสถานศึกษาแบบอย่างการจัดกิจกรรมการเรียนรู้และบริหารจัดการตามหลักปรัชญาของเศรษฐกิจพอเพียง “สถานศึกษาพอเพียง” จากกระทรวงศึกษาธิการ

พ.ศ. 2556 โรงเรียนบ้านคลองนกกระทุง (เรียงราษฎร์อุทิศ 2) ได้รับรางวัลโรงเรียนพระราชทาน ประเภทประถมศึกษา ขนาดกลาง ระดับประเทศ จากกระทรวงศึกษาธิการ 

พ.ศ. 2556 โรงเรียนบ้านคลองนกกระทุง (เรียงราษฎร์อุทิศ 2) ได้รับรางวัลโรงเรียนดีเด่นด้านคุณธรรมและจริยธรรม ระดับประเทศ จากธนาคารออมสินร่วมกับสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน พร้อมด้วยเงินรางวัล 100,000 บาท

        พ.ศ. 2566 โรงเรียนบ้านคลองนกกระทุง (เรียงราษฎร์อุทิศ 2) ได้รับประกาศจากกระทรวงศึกษาธิการ ให้เป็น “ศูนย์การเรียนรู้ตามหลักปรัชญาของเศรษฐกิจพอเพียง ด้านการศึกษา”